- Pascasarjana terdiri atas: Direktur dan Wakil Direktur, Program Studi, dan Subbagian Tata Usaha.
- Direktur Pascasarjana dibantu oleh 2 (dua) orang Wakil Direktur, yaitu:
a. Wakil Direktur Bidang Akademik dan Kemahasiswaan; dan
b. Wakil Direktur Bidang Umum, Keuangan dan Kerja Sama. - Wakil Direktur Bidang Akademik dan Kemahasiswaan (Wadir I) mempunyai tugas membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, layanan kemahasiswaan dan alumni, serta urusan perencanaan di lingkungan Pascasarjana.
- Wakil Direktur Bidang Umum, Keuangan, dan Kerja Sama (Wadir II) mempunyai tugas membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan, kepegawaian, umum, sistem informasi, pengelolaan barang milik negara, dan kerja sama di lingkungan Pascasarjana.
- Program Studi (Prodi) merupakan kesatuan kegiatan pendidikan dan pembelajaran yang memiliki kurikulum dan metode pembelajaran tertentu dalam satu jenis pendidikan akademik.
- Subbagian Tata Usaha (Subbag TU) mempunyai tugas melakukan urusan perencanaan, keuangan, akademik, kemahasiswaan, alumni, kepegawaian, ketatausahaan, kerumahtanggaan, kerja sama, sistem informasi, dan pengelolaan barang milik negara di lingkungan Pascasarjana.
- Dalam upaya pelaksanaan misi dan tercapainya visi Pascasarjana maka dikembangkan atau dibentuk 3 bagian, yaitu sebagai berikut.
a. Bagian Akademik dan Kemahasiswaan (BAK) mempunyai tugas melakukan layanan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, dan layanan kemahasiswaan dan alumni, serta urusan perencanaan di lingkungan Pascasarjana.
b. Bagian Umum, Keuangan, dan Kerja Sama (BUKK) mempunyai tugas melakukan pelayanan urusan pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan, kepegawaian, umum, sistem informasi, pengelolaan barang milik negara, hubungan masyarakat, promosi, dan kerja sama di lingkungan Pascasarjana
c. Bagian Penjaminan Mutu dan Jurnal Ilmiah (BPMJI) mempunyai tugas, memfasilitasi prodi dalam mempersiapkan dan pelaksanaan akreditasi, Audit Mutu Internal (AMI), mengkoordinasikan pengelolaan jurnal, dan memfasilitasi mahasiswa dalam publikasi ilmiah.
Struktur pengelolaan Pascasarjana Undiksha dapat digambarkan sebagai berikut.
