Sejarah perkembangan Program Pascsarjana Universitas Pendidikan Ganesha (UNDIKSHA) tidak dapat dipisahkan dari sejarah perkembangan UNDIKSHA. UNDIKSHA ditetapkan berdasarkan Peraturan Presiden  Republik  Indonesia Nomor  11 Tahun  2006, tanggal 11  Mei  2006. Sejarah  perkembangan Universitas Pendidikan Ganesha sangat panjang dan sangat terkait dengan sejarah  pendidikan guru di Indonesia. Pada  tahun  1950-an, di Indonesia didirikan  Kursus  B-I (baca: B satu) dan B-II (baca: B dua)  yang bertugas  mendidik calon guru SMTA. Terkait dengan kebijakan tersebut, pada tahun 1955 di Singaraja didirikan Kursus B.I Bahasa Indonesia yang kemudian  ditambah  dengan Kursus B-I  Perniagaan  pada tahun 1957.

Selain lembaga pendidikan guru berupa Kursus B-I dan B-II, pemerintah juga mendirikan Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) di empat kota, yaitu Malang,  Bandung, Batusangkar, dan Tondano pada tahun 1954. Pada tahun 1958, PTPG diubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dan menjadi  bagian  dari suatu  Universitas. Menghindari adanya dualisme lembaga yang menangani  masalah pendidikan guru, sejak 1 Januari 1960 semua Kursus B-I dan Kursus B-II di Indonesia dintegrasikan ke dalam FKIP pada universitas  terdekat.

Seirama  dengan kebijaksanaan yang diambil pemerintah, sejak tanggal 1 Januari 1962, Kursus B-I Bahasa Indonesia dan Kursus B-I Perniagaan Singaraja dijadikan  FKIP Cabang Universitas Airlangga Surabaya. Kebijakan  tersebut  tidak berlangsung lama karena sejak di buka Universitas Udayana Denpasar  pada tanggal  9 Agustus 1962, FKIP Cabang Universitas Airlangga dilepas dari Universitas   Airlangga dan selanjutnya diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi FKIP  Univerisitas  Udayana.

Keberadaan FKIP sebagai lembaga yang menangani masalah pendidikan  guru mendapat tandingan dari kelompok orang yang mendirikan lembaga Pendidikan  guru dengan nama Institut Pendidikan Guru (IPG). Menghindari  hal-hal  yang tidak diinginkan, Presiden Soekarno mengambil kebijakan dengan mengintegrasikan FKIP dan IPG menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) berdasarkan Surat Keputusan Presiden No.1 Tahun 1963. Berpijak dari SK  Presiden No.1 Tahun 1963, tahun itu juga FKIP Universitas Udayana dilepas dan diintegrasikan pada IKIP Malang, menjadi IKIP Malang Cabang Singaraja.

IKIP  Malang Cabang Singaraja ternyata  hanya bertahan sekitar lima tahun  karena tahun 1968 IKIP Malang Cabang Singaraja kembali diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi dua fakultas, yaitu Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Langkah  ini diambil karena adanya kebijakan pemerintah untuk mengintegrasikan kembali semua IKIP Cabang  di Indonesia ke Universitas atau Institut  Negeri terdekat, yang tertuang pada SK Dirjen Perguruan Tinggi No.161 Tahun 1967.

Mengacu pada kebijakan baru pemerintah untuk menata kembali Universitas dan Institut  Negeri Indonesia yang tertuang pada PP  No. 5 Tahun  1980, PP No. 27 tahun 1981, dan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0174/0/1983,  berdasarkan Keppres RI  Nomor  62 tahun 1982  pada tanggal  12  Februari  1983,  Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas  Ilmu Pendidikan  (FIP) Universitas  Udayana dilebur menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Univerisitas Udayana.

Surat  Keputusan Presiden  Republik Indonesia No. 8 Tahun 1993 tanggal  16  Januari 1993 secara resmi  menyatakan perubahan status FKIP Universitas Udayana  menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Singaraja. Kebijakan pemerintah untuk memberikan perluasan mandat pada Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) memotivasi STKIP Singaraja  untuk mempersiapkan diri untuk mengemban mandat mengelola program studi non kependidikan.

Pada perkembangan berikutnya, berdasarkan SK Dirjen Nomor 16/DIKTI/ Kep/2000 tanggal 7 Februari 2000, STKIP Singaraja telah diberi kewenangan melaksanakan Program Pascasarjana  jenjang S2 untuk Program Studi  Pendidikan Bahasa. Selanjutnya, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 12/Dikti/Kep/2001 tanggal 18 Januari 2001, telah disetujui pembukaan Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP) jenjang S2. Dengan demikian, STKIP Singaraja resmi mengelola Program Pascasarjana, selain empat jurusan yakni Jurusan Ilmu Pendidikan, Jurusan Pendidikan Bahsa dan Seni, Jurusann Pendidikan MIPA, dan Jurusan Pendidikan IPS, dengan masing-masing membawahkan beberapa program studi..

Melalui perjuangan yang cukup berat untuk melaksanakan rencana  perluasan mandat dan melalui  studi  kelayakan tentang usulan perubahan  Institusi  dari STKIP  menjadi Universitas, akhirnya berdasarkan Keputusan Presiden  Nomor  19 Tahun  2001 tertanggal 5 Februari 2001, STKIP Singaraja  disetujui   berubah  menjadi Institut  Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Singaraja. IKIP Negeri Singaraja  telah mengelola 5 Fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS), Fakultas Pendidikan MIPA (FPMIPA), Fakultas Pendidikan IPS (FPIPS), dan satu jurusan setara fakultas jurusan Ilmu Keolahragaan (JIK), serta Program Pascsarjana. Melalui surat Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Nomor: 271/O/T/2004 disetujui perubahan status Jurusan Ilmu Keolahragaan (JIK) menjadi Fakultas  Pendidikan Ilmu  Keolahragaan (FPIK), sehingga IKIP Negeri Singaraja mengelola enam fakultas dan program pascasarjana.

Perkembangan besar di lembaga ini terjadi setelah diterbitkan Perpres No. 11/2006 tanggal 11 Mei 2006 tentang perubahan status IKIP Negeri Singaraja menjadi Universitas  Pendidikan Ganesha  (UNDIKSHA).  Universitas  Pendidikan  Ganesha  mengelola  enam Fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Bahasa dan Seni (FBS), Fakultas MIPA, Fakultas Ilmu Sosial (FIS), Fakultas Teknik dan Kejuruan (FTK), dan Fakultas Olah raga dan Kesehatan (FOK), serta Program Pascasarjana. Sejak tahun 2012 beberapa jurusan di lingkungan FIS dipisahkan dari FIS membentuk Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Dengan demikian UNDIKSHA mengelola tujuh fakultas dan Program Pascasarjana.  Saat ini Program Pascsarjana UNDIKSHA mengelola sembilan (10) program magister (S2) dan tiga (3) program doktor seperti berikut ini

1) Program Magister (S2)

a.         Program Studi Pendidikan Bahasa.

b.         Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP).

c.          Program Studi Pendidikan Administrasi Pendidikan (AP).

d.         Program Studi Pendidikan Dasar (Pendas).

e.         Program Studi Teknologi Pembelajaran (TP).

f.           Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris.

g.         Program Studi Pendidikan IPS.

h.         Program Studi Bimbingan Konseling (BK).

i.           Program Studi Ilmu Komputer (Ilkom).

j.           Program Studi Pendidikan Olahraga

2) Program Doktor (S3)

a.      Program Studi Pendidikan Dasar.

b.      Program Studi Pendidikan Bahasa, dengan Konsentrasi: Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Bahasa inggris, dan Pendidikan Bahasa Bali.

c.       Program Studi Ilmu Pendidikan, dengan: Konsentrasi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), Konsentrasi Administrasi Pendidikan (AP), Konsentrasi Teknologi Pembelajaran (TP), Konsentrasi Pendidikan IPA, Konsentrasi Pendidikan Matematika, Konsentrasi Bimbingan Konseling (BK), Konsentrasi Pendidikan Seni, dan Konsentrasi Pendidian Jasmani.