Sejarah perkembangan Program Pascsarjana Universitas Pendidikan Ganesha (UNDIKSHA) tidak dapat dipisahkan dari sejarah perkembangan UNDIKSHA. UNDIKSHA ditetapkan berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2006, tanggal 11 Mei 2006. Sejarah perkembangan Universitas Pendidikan Ganesha sangat panjang dan sangat terkait dengan sejarah pendidikan guru di Indonesia. Pada tahun 1950-an, di Indonesia didirikan Kursus B-I (baca: B satu) dan B-II (baca: B dua) yang bertugas mendidik calon guru SMTA. Terkait dengan kebijakan tersebut, pada tahun 1955 di Singaraja didirikan Kursus B.I Bahasa Indonesia yang kemudian ditambah dengan Kursus B-I Perniagaan pada tahun 1957.
Selain lembaga pendidikan guru berupa Kursus B-I dan B-II, pemerintah juga mendirikan Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) di empat kota, yaitu Malang, Bandung, Batusangkar, dan Tondano pada tahun 1954. Pada tahun 1958, PTPG diubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dan menjadi bagian dari suatu Universitas. Menghindari adanya dualisme lembaga yang menangani masalah pendidikan guru, sejak 1 Januari 1960 semua Kursus B-I dan Kursus B-II di Indonesia dintegrasikan ke dalam FKIP pada universitas terdekat.
Seirama dengan kebijaksanaan yang diambil pemerintah, sejak tanggal 1 Januari 1962, Kursus B-I Bahasa Indonesia dan Kursus B-I Perniagaan Singaraja dijadikan FKIP Cabang Universitas Airlangga Surabaya. Kebijakan tersebut tidak berlangsung lama karena sejak di buka Universitas Udayana Denpasar pada tanggal 9 Agustus 1962, FKIP Cabang Universitas Airlangga dilepas dari Universitas Airlangga dan selanjutnya diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi FKIP Univerisitas Udayana.
Keberadaan FKIP sebagai lembaga yang menangani masalah pendidikan guru mendapat tandingan dari kelompok orang yang mendirikan lembaga Pendidikan guru dengan nama Institut Pendidikan Guru (IPG). Menghindari hal-hal yang tidak diinginkan, Presiden Soekarno mengambil kebijakan dengan mengintegrasikan FKIP dan IPG menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) berdasarkan Surat Keputusan Presiden No.1 Tahun 1963. Berpijak dari SK Presiden No.1 Tahun 1963, tahun itu juga FKIP Universitas Udayana dilepas dan diintegrasikan pada IKIP Malang, menjadi IKIP Malang Cabang Singaraja.
IKIP Malang Cabang Singaraja ternyata hanya bertahan sekitar lima tahun karena tahun 1968 IKIP Malang Cabang Singaraja kembali diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi dua fakultas, yaitu Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Langkah ini diambil karena adanya kebijakan pemerintah untuk mengintegrasikan kembali semua IKIP Cabang di Indonesia ke Universitas atau Institut Negeri terdekat, yang tertuang pada SK Dirjen Perguruan Tinggi No.161 Tahun 1967.
Mengacu pada kebijakan baru pemerintah untuk menata kembali Universitas dan Institut Negeri Indonesia yang tertuang pada PP No. 5 Tahun 1980, PP No. 27 tahun 1981, dan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0174/0/1983, berdasarkan Keppres RI Nomor 62 tahun 1982 pada tanggal 12 Februari 1983, Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Universitas Udayana dilebur menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Univerisitas Udayana.
Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 8 Tahun 1993 tanggal 16 Januari 1993 secara resmi menyatakan perubahan status FKIP Universitas Udayana menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Singaraja. Kebijakan pemerintah untuk memberikan perluasan mandat pada Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) memotivasi STKIP Singaraja untuk mempersiapkan diri untuk mengemban mandat mengelola program studi non kependidikan.
Pada perkembangan berikutnya, berdasarkan SK Dirjen Nomor 16/DIKTI/ Kep/2000 tanggal 7 Februari 2000, STKIP Singaraja telah diberi kewenangan melaksanakan Program Pascasarjana jenjang S2 untuk Program Studi Pendidikan Bahasa. Selanjutnya, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 12/Dikti/Kep/2001 tanggal 18 Januari 2001, telah disetujui pembukaan Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP) jenjang S2. Dengan demikian, STKIP Singaraja resmi mengelola Program Pascasarjana, selain empat jurusan yakni Jurusan Ilmu Pendidikan, Jurusan Pendidikan Bahsa dan Seni, Jurusann Pendidikan MIPA, dan Jurusan Pendidikan IPS, dengan masing-masing membawahkan beberapa program studi..
Melalui perjuangan yang cukup berat untuk melaksanakan rencana perluasan mandat dan melalui studi kelayakan tentang usulan perubahan Institusi dari STKIP menjadi Universitas, akhirnya berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 19 Tahun 2001 tertanggal 5 Februari 2001, STKIP Singaraja disetujui berubah menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Singaraja. IKIP Negeri Singaraja telah mengelola 5 Fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS), Fakultas Pendidikan MIPA (FPMIPA), Fakultas Pendidikan IPS (FPIPS), dan satu jurusan setara fakultas jurusan Ilmu Keolahragaan (JIK), serta Program Pascsarjana. Melalui surat Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Nomor: 271/O/T/2004 disetujui perubahan status Jurusan Ilmu Keolahragaan (JIK) menjadi Fakultas Pendidikan Ilmu Keolahragaan (FPIK), sehingga IKIP Negeri Singaraja mengelola enam fakultas dan program pascasarjana.
Perkembangan besar di lembaga ini terjadi setelah diterbitkan Perpres No. 11/2006 tanggal 11 Mei 2006 tentang perubahan status IKIP Negeri Singaraja menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (UNDIKSHA). Universitas Pendidikan Ganesha mengelola enam Fakultas, yaitu Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), Fakultas Bahasa dan Seni (FBS), Fakultas MIPA, Fakultas Ilmu Sosial (FIS), Fakultas Teknik dan Kejuruan (FTK), dan Fakultas Olah raga dan Kesehatan (FOK), serta Program Pascasarjana. Sejak tahun 2012 beberapa jurusan di lingkungan FIS dipisahkan dari FIS membentuk Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB). Dengan demikian UNDIKSHA mengelola tujuh fakultas dan Program Pascasarjana. Saat ini Program Pascsarjana UNDIKSHA mengelola sembilan (9) program studi magister (S2) seperti berikut ini.
- Program Studi Pendidikan Bahasa Indonesia – Mulai tahun 2000
- Program Studi Metode Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP) – Mulai tahun 2001
- Program Studi Administrasi Pendidikan (AP) – Mulai tahun 2003
- Program Studi Pendidikan Dasar (Pendas) – Mulai tahun 2007
- Program Studi Pendidikan IPA – Mulai tahun 2009
- Program Studi Pendidikan Matematika – Mulai tahun 2009
- Program Studi Teknologi Pembelajaran – Mulai tahun 2009
- Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris – Mulai tahun 2013
- Program Studi Pendidikan IPS – Mulai tahun 2013.