Pascasarjana merupakan bagian dari Universitas Pendidikan Ganesha yang diawali pada tahun 1999 dengan mendapat persetujuan mengelola pendidikan jenjang S2 (Magister) yaitu Program Studi Pendidikan Bahasa, Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), dan Program Studi Manajemen Pendidikan (MP) yang saat ini bernama Program Studi Administasi Pendidikan (AP). Mulai tahun 2014, Pascasarjana Undiksha juga diberi kesempatan untuk mengelola pendidikan jenjang S3 (Doktor) yaitu Program Studi Ilmu Pendidikan, Program Studi Pendidikan Dasar dan Program Studi Pendidikan Bahasa. Pascasarjana Undiksha sejak tahun 2014 juga diberikan kesempatan untuk mengelola program studi non kependidikan. Sejak didirikan sampai sekarang, Pascasarjana telah banyak melahirkan banyak lulusan yang kompeten baik dibidang pendidikan maupun non-pendidikan. Sampai dengan tahun 2022, Pascasarjana telah memiliki 17 Program Magister dan 5 Program Doktor.