Sebagai lembaga yang menghasilkan tenaga kependidikan, ide untuk meningkatkan mutu lulusan menjadi sebuah keniscayaan. Diawali dengan meluluskan tingkat Kursus B I sejak 1958, tingkat Sarjana Muda sejak 1963, dan tingkat Sarjana sejak 1968. Selanjutnya, sudah menjadi komitmen Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha) untuk meningkatkan kualitas layanan program dan lulusannya dari tingkat atau jenjang Strata Satu (S1) menjadi jenjang Strata Dua (S2) dan jenjang Strata Tiga (S3) yang dikenal dengan sebutan Pascasarjana. Pengusulan Pascasarjana mulai dilakukan pada tahun 1999 saat lembaga ini masih bernama Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Singaraja. Di awal pendirian, program S2 yang mendapat persetujuan dari Pemerintah Republik Indonesia (RI) c.q. Departemen Pendidikan Nasional adalah : 1) Program Studi Pendidikan Bahasa, 2) Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), dan 3) Program Studi Manajemen Pendidikan (MP) yang sekarang bernama Program Studi Administasi Pendidikan (AP).

Perubahan status STKIP Singaraja menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Singaraja tahun 2001 dan perubahan IKIP Negeri Singaraja menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha) tahun 2006 semakin memantapkan upaya pengembangan Pascasarjana. Beberapa program studi jenjang S2 (Magister) yang dibuka berikutnya adalah Program Studi Pendidikan Dasar, Program Studi Pendidikan Sains yang sekarang bernama Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam (IPA), Program Studi Pendidikan Matematika, Program Studi Teknologi Pembelajaran, Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris, Program Studi Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS), dan Program Studi Bimbingan Konseling. Sejalan dengan kebijakan perluasan mandat yang diberikan kepada Undiksha, sejak tahun 2014 Pascasarjana Undiksha juga diberi kesempatan mengelola program studi non kependidikan, yakni Program Studi Ilmu Komputer. Perkembangan berikutnya tahun 2016 dikeluarkannya ijin untuk mengelola Program Studi Pendidikan Olahraga. Namun ditahun itu juga Program Studi Pendidikan IPA dan Program Studi Pendidikan Matematika tidak lagi di bawah pengelolaan Pascasarjana akan tetapi berada di bawah pengelolaan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam.

Mulai tahun 2014, Pascasarjana Undiksha juga diberi kesempatan untuk mengelola pendidikan jenjang S3 (Doktor). Ada tiga program studi jenjang S3 yang disetujui untuk dibuka, yakni : 1) Program Studi Ilmu Pendidikan dengan tiga konsentrasi, yakni Penelitian dan Evaluasi Pendidikan, Administrasi Pendidikan, dan Teknologi Pembelajaran, dan sejak tahun 2016 ditambah lagi dengan konsentrasi Pendidikan IPS dan Bimbingan Konseling, hingga saat ini pada tahun 2021 terdapat pula konsentrasi Pendidikan Umum, Pendidikan IPA, Pendidikan Matematika, Pendidikan Seni dan Pendidikan Olahraga; 2) Program Studi Pendidikan Dasar; dan 3) Program Studi Pendidikan Bahasa. Pada tahun 2020, Pascasarjana Undiksha dipercaya menyelenggarakan prodi baru, yaitu Program Magister Ilmu Manajemen dan Akuntansi.

Pascasarjana Undiksha senantiasa mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, baik di tingkat nasional maupun internasional agar dapat memenuhi tuntutan masyarakat, baik untuk pembukaan program studi baru maupun untuk mengembangkan program studi yang ada.

Sesuai dengan Keputusan Rektor Undiksha Nomor 2853/UN48/PJ/2020 tentang Penggabungan program pascasarjana FMIPA di bawah Pengelolaan Pascasarjana Undiksha, maka saat ini, Program Pascasarjana Undiksha mengelola program studi berikut.

Program Magister (S2)

  1. Program Studi Administrasi Pendidikan (AP)
  2. Program Studi Akuntansi
  3. Program Studi Bimbingan Konseling (BK)
  4. Program Studi Ilmu Komputer (Ilkom); dengan konsentrasi Ilmu Komputer dan Sistem Informasi
  5. Program Studi Ilmu Manajemen
  6. Program Studi Manajemen Lingkungan
  7. Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD)
  8. Program Studi Pendidikan Bahasa
  9. Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris
  10. Program Studi Pendidikan Dasar (Pendas)
  11. Program Studi Pendidikan IPA
  12. Program Studi Pendidikan IPS
  13. Program Studi Pendidikan Kimia
  14. Program Studi Pendidikan Matematika
  15. Program Studi Pendidikan Olahraga
  16. Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP)
  17. Program Studi Teknologi Pendidikan (TP)

Program Doktor (S3)

  1. Program Studi Ilmu Pendidikan; dengan konsentrasi Pendidikan Umum, Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP), Administrasi Pendidikan (AP), Pendidikan IPA, Pendidikan Matematika, Bimbingan Konseling (BK), Pendidikan Seni, Pendidikan Olahraga, dan Pendidikan IPS
  2. Program Studi Pendidikan Bahasa; dengan konsentrasi Pendidikan Bahasa Indonesia, dan Pendidikan Bahasa Bali
  3. Program Studi Pendidikan Dasar
  4. Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris
  5. Program Studi Teknologi Pendidikan